El Departamento de Ciencia Animal centra sus líneas en la optimización de los sistemas ganaderos y potenciación de su sostenibilidad, producción de alimentos de origen animal, conservación de razas autóctonas, creación y mejora de cadenas de valor y prevención de enfermedades infecciosas con impacto en la salud pública. Para ello, se trabaja en la mejora del aprovechamiento de los recursos del territorio, el aumento de la eficiencia técnica y económica de la producción de animales de abasto, y la calidad y seguridad de sus productos, así como en el estudio de la epidemiología, diagnóstico y control de enfermedades ganaderas y zoonosis.
El Departamento contribuye al conocimiento en el manejo técnico de los rebaños de vacuno y ovino, el desarrollo de nuevos sistemas de alimentación y su efecto sobre la calidad y la trazabilidad en los productos, la mejora de la fertilidad y la prolificidad mediante el manejo y el uso de herramientas genómicas/genéticas, la diversificación productiva en distintas especies ganaderas, y los efectos de la ganadería sobre el medio y su capacidad de provisión de servicios ecosistémicos. Así, se contribuye a proveer a la sociedad de alimentos saludables, obtenidos de manera sostenible y que satisfagan las expectativas de los distintos consumidores. En el campo de la sanidad animal, el Departamento destaca por sus significativos avances en estudios epidemiológicos y en el desarrollo de vacunas y métodos de diagnóstico para la prevención y control de enfermedades como la brucelosis, salmonelosis o diversas parasitosis.